WinRHIZO is a complete plant root measurement and analysis systems for agricultural and forestry research.
Analyse d'Images pour la Science des Plantes
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Regent Instruments Inc. depuis 1991

 

 

WinRHIZO


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Acquisition d'Images

En un clic, vous pouvez numériser et analyser les racines!
1. POSITIONNEMENT DES RACINES

Installez simplement les racines directement sur la vitre du scanner ou dans les plateaux étanches de Regent. Le positionnement des racines est simple et rapide avec le système de positionnement de Regent pour les scanners optiques (voir ci-dessous). Les racines peuvent se chevaucher et n'ont pas besoin d'être étalées.

2. ACQUSITION D'IMAGE

Cliquez sur l'icône du scanner pour numériser les racines et attendez quelques secondes que la numérisation se termine et que l'image apparaisse à l'écran. Il n'est pas nécessaire d'utiliser un autre programme pour numériser les images, WinRHIZOcontrôle directement le scanner (ou un appareil photo numérique). Il peut également analyser des images sauvegardées dans des fichiers (tiff, jpeg, png, jpeg2000 ou bmp).

 
3. ANALYSE DES RACINES

Quelques secondes plus tard, l'analyse est terminée et les racines détectées par WinRHIZOsont identifiées par des lignes colorées dans l'image. Les couleurs utilisées pour les dessiner sont codées en fonction du diamètre de la racine. Certaines analyses (Comptage des nodules, Couleur et Topologie par exemple) découlent des interactions de l'opérateur avant de procéder.

La longueur et le diamètre des racines sont mesurés avec la méthode unique de Regent** et avec la méthode statistique de Tennant. Avec le premier, les mesures sont effectuées en continu à chaque point le long de la racine. Le chevauchement des racines aux embranchements et aux bouts est pris en compte pour fournir des mesures précises de longueur et de surface. Certaines mesures effectuées par le système peuvent être annulées par l'opérateur.

4. ENREGISTRER LES DONNÉES DES MESURES

La dernière étape de l'analyse est la sauvegarde des données. WinRHIZOsait quand les données sont prêtes à être enregistrées et le fait automatiquement. Les fichiers de données sont au format ASCII (texte) facilement lisible par de nombreux programmes, y compris des tableurs comme Excel. Les images et leurs analyses peuvent également être enregistrées dans des fichiers pour des validations ultérieures, de nouvelles analyses ou une visualisation dans d'autres logiciels.

 

Les racines peuvent être mesurées automatiquement par WinRHIZOlorsqu'elles sont extraites du sol et débarrassées (lavées) des débris. Avant l'analyse, elles doivent d'abord être numérisées avec un scanner ou une caméra.

Les systèmes standards WinRHIZOutilisent un scanner optique comme dispositif d'acquisition d'images. Ils sont bien adaptés à l'acquisition d'images d'objets macroscopiques comme les racines ou les feuilles. Les scanners Regent sont livrés avec:

  • Accessoires pour accélérer le positionnement et le scan des racines,
  • Un système d'éclairage spécial pour éviter les ombres (voir ci-dessous),
  • Une calibration permanente pour augmenter la précision de la mesure,
  • Un manuel et une vidéo qui expliquent comment numériser des échantillons biologiques (racine, feuilles, graines...) pour analyse avec nos programmes (la numérisation pour l'analyse scientifique est différente de celle pour les applications artistiques). Il donne également des conseils spécifiques au scanner acheté (tels que la vitesse de numérisation par rapport aux problèmes de qualité).

Les scanners Regent peuvent également être utilisés pour d'autres applications (numérisation de documents ou de photos). Ils sont actuellement disponibles en deux tailles (pour voir nos modèles actuels cliquez ici).

Nos systèmes de positionnement augmentent considérablement votre productivité. Ils sont constitués de blocs en plastique qui peuvent être installés et retirés rapidement pour s'adapter à différentes tailles de zone de numérisation (selon le modèle de scanner). Ensemble, ils forment une zone semi-opaque avec un trou (la zone numérisée) pour le placement de l'échantillon. Les plateaux qui correspondant à ces zones de numérisation rectangulaires sont fournis avec un système complet.

 

Comment augmente-t-il la productivité?

  • Vous n'avez pas à vous soucier de l'endroit où placer les échantillons sur la vitre du scanner. Une fois que vous avez déterminé le schéma de positionnement des échantillons, vous placez simplement les échantillons dans la zone ouverte et pour l'acquisition des images suivantes. Le programme WinRHIZOpropose des options de positionnement prédéfinies parmi lesquelles vous pouvez choisir.
  • Étant donné que WinRHIZOconnaît la taille et la position de l'échantillon sur la vitre du scanner, vous pouvez ignorer l'étape de prévisualisation du scanner. Vous gagnez 20 à 30 secondes pour chaque scan. C'est beaucoup de temps après des milliers de scans!
  • Pendant qu'un échantillon est scanné ou analysé, vous (ou un deuxième opérateur) pouvez préparer l'échantillon de racine suivant dans un autre plateau éloigné du scanner.

Pourquoi un système d'éclairage supplémentaire?

Sans une bonne image des racines, un algorithme inutile de détection de racine complexe et long est nécessaire. L'acquisition d'images de racines avec un scanner optique sans attention particulière au système d'éclairage peut produire des artefacts qui rendent l'identification des racines fastidieuse et imprécise. Les ombres (ci-dessous) en est un exemple.

Les ombres ont des niveaux de gris proches de ceux des racines. Déterminer la position du bord de la racine est beaucoup plus difficile lorsqu'elles sont présentes.

RÉFÉRENCES
* “WinRHIZO™, a root-measuring system with a unique overlap correction method”, Arsenault, J.-L., S. Pouleur, C. Messier, and R. Guay. 1995. HortScience 30: 906. (Abstract).
** “Accuracy of Measurements with Mac/WinRHIZO™”. Stephan Pouleur, REGENT INSTRUMENTS Technical note #3, 1995, pp. 1-4.
*** “A test of a modified line intersect method for estimating root length”. Tennant D. 1975, J. Ecol. 63. pp. 995-1001.